Tak perlu waktu lama untuk move on, Lisa menikahi penyanyi populer dan legendaris, Michael Jackson, sekitar tiga minggu setelah menyelesaikan perceraiannya dengan Danny. Mereka menikah diam-diam pada musim panas tahun 1994 di Republik Dominika.
Pasangan itu akhirnya mengonfirmasi rumor pernikahan beberapa minggu kemudian. Ternyata Lisa dan Michael sendiri sudah kenal lama bahkan hampir 20 tahun sebelumnya.
Lisa pertama kali bertemu Michael Jackson pada 1975 di salah satu konser mendiang ayahnya di Las Vegas saat berusia 7 tahun. Michael Jackson sendiri masih menjadi anggota Jackson Five dan belum memulai karier solonya.
"Saya sangat mencintai Michael, saya mendedikasikan hidup saya untuk menjadi istrinya. Saya mengerti dan mendukungnya. Kami berdua berharap untuk membangun sebuah keluarga,” kata Lisa Marie dalam sebuah pernyataan.
Empat bulan setelahnya, mereka menghadiri MTV Video Music Awards bersama tahun itu, sebagai debut suami-istri. Bahkan mereka tak ragu pamer ciuman di panggung. Kebahagiaan itu sayangnya tak berlangsung lama. Dua tahun setelah pernikahan, Lisa menggugat cerai Michael karena ada perbedaan pendapat di antara mereka.
Ketika Michael Jackson meninggal pada Juni 2009, dia menulis dalam blog yang panjang bahwa dia merasa "gagal membantu" mantan pasangannya di tengah perjuangannya dengan penyalahgunaan zat. Ia mengatakan bahwa itu adalah kesalahan terbesarnya.