Salmokji: Whispering Water diawali dengan sebuah tim produksi pemetaan jalan yang dikirim ke lokasi terpencil bernama waduk Salmokji di Yesan, Provinsi Chungcheong Selatan. Di sana, mereka punya tugas untuk mengambil ulang rekaman yang sebelumnya mengalami gangguan aneh. Awalnya, semua memang terlihat normal.
Tim ini dipimpin oleh Han Soo In, sutradara muda pengganti seniornya yang menghilang tanpa jejak. Kehilangan itu sendiri sebenarnya sudah menjadi misteri, namun mereka tetap melanjutkan pekerjaan. Masalah muncul saat mereka sadar bahwa rekaman sebelumnya bukan sekadar rusak biasa. Dalam footage tersebut, ada sosok misterius yang tidak bisa dijelaskan secara logika.
Seiring berjalannya waktu, suasana di lokasi juga makin mencekam. Mulai dari peralatan yang sering rusak tanpa alasan jelas, muncul suara aneh dari dalam air, hingga beberapa anggota tim mengalami kejadian tak masuk akal.
Sesuatu yang mereka anggap di awal hanya masalah teknis, justru menyeret semuanya ke dalam lingkaran teror. Mereka pun akhirnya sadar bahwa ada sesuatu yang hidup di dasar waduk sana dan tidak ingin diganggu. Dalam kondisi penuh tekanan dan ketakutan, mereka harus memilih antara menyelesaikan pekerjaan atau menyelamatkan diri.
